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    lncRNA基因芯片服务——华盈生物

            长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)是一类转录本长度超过200nt,不编码蛋白的RNA。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达,参与了 X 染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。

     

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            虽然越来越多的lncRNA被发现,但是人们现在了解到的lncRNA只是冰山一角,绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。现阶段基因芯片技术发展趋于成熟稳定,在此平台上,通过设计不同的lncRNA探针,可以更加快速、高通量地筛选出疾病或特定生物学过程中差异表达的 lncRNA和mRNA信息,最终找到lncRNA的靶基因位点深入分析调控机制。

    lncRNA特征


        1. 结构特征:lncRNA长度大于200nt,具有mRNA样结构,部分具有poly(A)尾巴;
        2. 组织特异性:不同组织之间的lncRNA表达量不同;
        3. 时空特异性:同一组织或器官在不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化;
        4. 调控多样性:lncRNA可从染色质重塑、转录调控及转录后加工等多种层面实现对基因表达的调控;
        5. 亚细胞定位:lncRNA的亚细胞位置也呈多样化,在细胞核、细胞质和细胞器均有分布;
        6. 疾病特征性:lncRNA在肿瘤与其它疾病中有特征性的表达方式。

    lncRNA芯片技术服务


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    1.Agilent lncRNA芯片


     

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    芯片具体信息介绍:



            Agilent Human lncRNA 
    Microarray v4.0 (4×l80K)

            华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的人类表达谱芯片,除了涵盖32,776条Entrez Gene RNAs的探针外,更设计了78,243条lncRNA探针,lncRNA数据库来源于Broad Institute、Human Body Map lincRNAs、TUCP catalog、UCSC lincRNAs Transcripts、GENCODE 18、NONCODE V4.0、Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding LncRNA (UCR)、lncRNAdb、ncRNA等多个数据库。

            Agilent Mouse lncRNA Microarray v2.0 (4×l80K)

            华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片,除了涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外,更涵盖了约51,302 条lncRNA,lncRNA数据库来源于NONCODE V3.0、Ensembl、 RefSeq、Ultra-conserved region encoding IncRNA (UCR)> lncRNAdb、ncRNA 等多个数据库。

            Agilent Rat lncRNA Microarray v2.0 (8×60K)

            华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的大鼠表达谱芯片,除了涵盖约30,000条Entrez Gene RNAs外,更涵盖了约10,000条lncRNA,lncRNA数据来源于航天医学基础与应用国家重点实验室的大鼠lncRNA测序数据,及 Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding lncRNA (UCR)、lncRNAdb、lncRNA等多个权威公共数据库。

                  
                   

    2.Affymetrix lncRNA芯片



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    芯片具体信息介绍:



            Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0

            GeneChip® Human Transcriptome 2.0 (HTA2.0)为Affymetrix最新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过六百万条不同探针,覆盖编码和非编码转录本。该芯片上70%的探针覆盖编码转录本的外显子,其余30%的探针覆盖外显子之间的剪接位点和非编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db和Broad Institutee, Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog等多个权威公共数据库。

            Affymetrix GeneChip® Mouse Transcriptome Array 1.0

            GeneChip® Mouse Transcriptome 1.0 (MTA1.0)为Affymetrix最新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过五百万条不同探针,覆盖编码和非编码转录本。该芯片设计的探针覆盖超过114,000个蛋白编码转录本和超过101,000个非蛋白编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db、MGI和Intergenic noncoding RNA from Luo, et al (doi:10.1371/journal.pone.0070835)等多个权威公共数据库。


    lncRNA芯片服务特色


    1. 信息最全最新:覆盖了多个权威数据库最新lncRNA信息,涵盖最全面的lncRNA序列和mRNA信息;

    2.物种丰富:包含人、大鼠、小鼠lncRNA芯片,其他物种可以进行芯片定制;

    3.可同时检测lncRNA和mRNA:在同一张芯片上对lncRNA和mRNA进行检测,挖掘二者之间的关联;
    4.产品质量有保证:Agilent和Affymetrix公司均为基因芯片领域的一线品牌,其芯片产品经历多年的实践检验,品质有保证;
    5.独特的技术优势:相比高通量测序方法,基因芯片进行lncRNA研究具有实验周期短、冗余数据少、分析便捷的优势;
    6.特色数据分析服务:华盈生物与美国高校院所进行合作,开发了一套深度挖掘lncRNA的功能机制的特色分析体系;同时还提供lncRNA定量PCR服务,完成lncRNA研究的一站式服务。

     

    lncRNA芯片数据分析流程

        

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