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    表达谱基因芯片服务——华盈生物

            基因组DNA转录形成的包括mRNA、miRNA、lincRNA、rRNA、tRNA等所有类型RNA的集合统称为转录组(Transcriptome)。以检测细胞内部所有mRNA及其差异剪切形式为目的的基因芯片技术,称之为表达谱芯片。

     

            Agilent和Affymetrix公司是基因芯片技术领域中最著名的两家一线品牌公司。华盈生物充分利用两家公司各自基因芯片产品的特点,为国内广大科研人员提供多元化和个性化的转录组学技术服务。

     


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    技术服务内容:

    1.Agilent表达谱芯片


    芯片名称
    Agilent Human lncRNA Microarray v4.0 (4×l80K)
    芯片介绍华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的人类表达谱芯片,除了涵盖32,776条Entrez Gene RNAs的探针外,更设计了78,243条lncRNA探针,lncRNA数据库来源于Broad Institute、 Human Body Map lncRNAs、TUCP catalog、UCSC lncRNAs Transcripts、GENCODE 18、NONCODE V4.0、Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding LncRNA (UCR)、lncRNAdb、ncRNA等多个数据库。

                                      

    芯片名称Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression Microarray v2 (8x60K)              

    芯片介绍安捷伦基于G3平台最新设计的人类表达谱芯片,将编码和非编码RNA整合在单张芯片上。除检测30,000条Entrez Gene RNAs外,还涵盖了12,000条lncRNAs。该芯片可同时检测蛋白编码RNA和非编码RNA的表达量变化。通过分析二者之间的相互关系,有助于预测lncRNA生物学功能。探针设计参照的数据库为:RefSeqBuild36.3;EnsembleRelease 52;Unigene Build 216;GenBank (April 2009)。lncRNA探针是Agilent和John Rinn 实验室(麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所)共同设计的。                  

                   

    芯片名称Agilent Whole Human Genome Gene Expression Microarray v2 (4x44K)          

    芯片介绍Agilent的人全基因组表达谱芯片,包含27,958条EntrezGeneRNA。序列信息源于:RefSeq、Goldenpath、Ensembl和Unigene 。
                                      

    芯片名称Agilent Mouse lncRNA Microarray v2.0 (4×l80K)            

    芯片介绍华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片,除了涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外,更涵盖了约51,302 条lncRNA探针。lncRNA数据库来源于NONCODE V3.0、Ensembl、 RefSeq、Ultra-conserved region encoding IncRNA (UCR)> lncRNAdb、ncRNA 等多个数据库。
                                     

    芯片名称Agilent SurePrint G3 Mouse Expression Microarray (8x60K)         

    芯片介绍该款芯片涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外,更涵盖16,251条lncRNA。探针设计参照的数据库为:RefSeq Build 37;Ensembl Release 55;Unigene Build 176;GenBank (April 2009);RIKEN 3。
                                     

    芯片名称Agilent Rat lncRNA Microarray v2.0 (8×60K)             

    芯片介绍华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的大鼠表达谱芯片,除了涵盖约30,000条Entrez Gene RNAs外,更涵盖了约10,000条lncRNAs。lncRNA数据来源于航天医学基础与应用国家重点实验室的大鼠lncRNA测序数据,及 Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding lncRNA (UCR)、lncRNAdb、lncRNA等多个权威公共数据库。
                                       

    芯片名称Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression Microarray (8x60K)              

    芯片介绍安捷伦基于G3平台设计的大鼠表达谱芯片,涵盖30,003条Entrez Gene RNAs。探针设计参照的数据库为:RefSeq Build 36.2;Ensembl Release 55;Unigene Build 177;GenBank (January 2009)。

    2.Affymetrix表达谱芯片


    芯片名称
    Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0
    芯片介绍HTA2.0为Affymetrix最新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过六百万条不同探针,覆盖编码和非编码转录本。该芯片上70%的探针覆盖编码转录本的外显子,其余30%的探针覆盖外显子之间的剪接位点和非编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db和Broad Institutee, Human Body Map lncRNAs and TUCP catalog等多个权威公共数据库。
                                     

    芯片名称Affymetrix GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array                

    芯片介绍U133 Plus 2.0包含了47,000个转录本,代表了38,500个明确的人类基因。数据库来源于GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database(Build 159 January 25 2003)、Washington University EST trace repository、NCBI human genome assembly(Build 31)。
                                      

    芯片名称Affymetrix GeneChip® GeneChip Human Gene 1.0 ST Array                

    芯片介绍Human Gene 1.0 ST 覆盖99%人类转录本,芯片包含764,885个探针,每个基因用大约25个探针来检测,可检测28,869个功能明确基因的表达情况。数据来源于RefSeq,Ensembl,GenBank,UCSC。

                                       

    芯片名称Affymetrix GeneChip® Mouse Transcriptome Array 1.0                

    芯片介绍MTA1.0为Affymetrix最新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过五百万条不同探针,覆盖编码和非编码转录本。该芯片设计的探针覆盖超过114,000个蛋白编码转录本和超过101,000个非蛋白编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db、MGI和Intergenic noncoding RNA from Luo, et al (doi:10.1371/journal.pone.0070835)等多个权威公共数据库。


    芯片名称Affymetrix GeneChip® Mouse Gene 1.0 ST Array                

    芯片介绍Mouse Gene 1.0 ST同时检测mRNA和lncRNA,芯片包含770,317个探针,每个基因用大约25个探针来检测,可检测28,853个功能明确基因的表达情况,另外还可检测8条lncRNA转录本。数据来源于RefSeq,Enseml,GenBank和lncRNAdb。
                                      

    芯片名称GeneChip® Rat Gene 1.0 ST Array                

    芯片介绍Rat Gene 1.0 ST覆盖全转录本,芯片包含722,254个探针,每个基因用大约25个探针来检测,可检测27,342个功能明确基因的表达情况。数据来源于RefSeq Release, Ensembl Release,GenBank,UCSC和RGSC。

    芯片实验流程:



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    数据分析流程:



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