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华盈视角:世界首个蛋白芯片数据库发布!

2016/01/29

       蛋白芯片作为一种快速、简便、高通量的蛋白质分析检测技术,近年来在疾病诊断、蛋白互作研究、小分子药靶筛选、疾病机理探索等多个生命科学研究领域中的应用飞速增长。随着蛋白芯片技术的广泛应用,海量蛋白芯片数据的储存、处理、检索、分析和共享成为限制蛋白组学研究发展的一个关键问题,搭建专门的蛋白芯片数据库是解决该问题的有效途径。                

                  

       2016年刚开年,中国科学界就传来重大喜讯,华盈生物战略合作伙伴上海交通大学系统生物医学研究院陶生策教授课题组于2016年1月27日在Nature子刊《Scientific Reports》发布了世界上首个蛋白芯片数据库PMD(Protein Microarray Database)。                

               

        数据库的诞生填补了蛋白芯片数据共享的空白,是中国科学家为世界蛋白组学发展作出的重大贡献。如同基因芯片共享数据库GEO、Array Express一样,PMD数据库不仅可以完成所有蛋白芯片数据的收录和下载任务,还可以提供相关文献信息的检索和查阅功能。目前,该数据库已经收录了7个类型的蛋白芯片,覆盖21个物种,涉及139个芯片项目及已发表的599篇相关文献。                 

                 

       特别值得一提的是,与GEO和Array Express不同,PMD数据库还搭建了与DAVID、PANTHER和STRING等主流生物信息数据库和在线分析软件的数据共享端口,构建了标准化的蛋白芯片生物信息分析流程。在PMD上,蛋白芯片数据的标准化、统计分析、蛋白归类、GO分析、Pathway分析、蛋白互作网络分析等一系列分析内容均可在可视化状态下迅速完成。                

               

       目前,PMD数据库已经可以通过www.proteinmicroarray.cn网址登录和免费使用。该数据库的成功建立必将为推动蛋白芯片技术的广泛应用、蛋白组学研究的飞速发展起到至关重要的作用。PMD数据库也必将成为中国人类蛋白质组计划(CNHPP)推进过程中一个极其重要的科学成果。