外泌体研究详细

    外泌体miRNA测序服务

    外泌体miRNA测序介绍

    外泌体(Exosomes)广泛分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。它是具有脂质双层膜结构的微小膜泡,大小为30-150nm左右。外泌体可以携带丰富的RNA、DNA、蛋白质等物质在细胞和组织之间自由穿梭,参与细胞间的通讯网络。外泌体广泛参与了机体免疫应答、抗原呈递、细胞分化、肿瘤生长于侵袭等多种生物过程。

    然而外泌体中的miRNA虽然种类较多,但其丰度并不高,对于微量样本来说,在提取外泌体后就很难进行miRNA的广泛筛选工作了。基于这种研究的瓶颈问题,华盈生物引进了先进的UMI微量miRNA建库方法,有效解决了外泌体中微量miRNA的测序筛选问题。同时,由于UMI独特的技术原理,在核酸PCR放大过程中,不同样本间UMI的比例与原始样本RNA的含量始终保持一致,这样就避免了核酸在PCR放大过程中产生的系统误差,有效解决了外泌体miRNA测序筛选的系统问题。






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      图1 外泌体生物学过程示意图

     

    技术路线

    • 接头连接:将预腺苷化的3’和5’接头通过连接酶依次加到miRNA上。

    • cDNA合成:逆转录(RT)引物中包含UMI标签序列。(RT)引物与3’接头的一个区域结合,促使miRNA转化为cDNA(每个miRNA分子分配到一个UMI)。

    • 文库扩增:文库扩增采用通用正向引物反向引物,产物经磁珠纯化后用于质控分析与上机测序。

    • 建库时在RT反应过程中引入UMI(Unique Molecular Indices)。

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                          图2. UMI微量miRNA建库原理

     

    服务流程

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    华盈生物优势

    1、双平台外泌体制备

    华盈生物提供经典的超离方法以及试剂盒法,客户可根据样本情况合理选择外泌体制备方法。

    2、外泌体鉴定全套服务

    在外泌体鉴定阶段,华盈生物不仅可以提供经典的NTA分析,还可以提供外泌体透射电镜拍摄、外泌体标志物蛋白Western Blot鉴定等。

    3、新型建库测序技术

    在PCR扩增前,在所有的miRNA分子上加入分子条形码(UMI),跟踪原始样本中初始的miRNA拷贝数,排除建库扩增带来的bias,准确还原样本的原始状态。

    4、起始量低

    QIASeq miRNA Library Kit可用于少量样品中的miRNA鉴定与定量,实现1-5 ng总RNA建库,大大提高了有限起始量样本的研究与未来临床检测运用。 

    5、质控严格

    从外泌体分离、RNA提取到建库和测序,层层环节进行质控。

    6、专业的生物信息学分析

    华盈生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户对数据各类深入的分析要求。

    数据分析流程:

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    参考文献:

    1.       Han Mingli,Hu Jianguo,Lu Pengwei et al. Exosome-transmitted miR-567 reverses trastuzumab resistance by inhibiting ATG5 in breast cancer.[J] .Cell Death Dis, 2020, 11: 43.

    2.       Hou Zuoxu,Qin Xinghua,Hu Yuanyuan et al. Longterm Exercise-Derived Exosomal miR-342-5p: A Novel Exerkine for Cardioprotection[J] .Circ. Res., 2019, 124: 1386-1400.

    3.       Zhang Jia-Tao,Qin Hao,Man Cheung Fiona Ka et al. Plasma extracellular vesicle microRNAs for pulmonary ground-glass nodules.[J] .J Extracell Vesicles, 2019, 8: 1663666.

    4.       Zhang Yalin,Kim Min Soo,Jia Baosen et al. Hypothalamic stem cells control ageing speed partly through exosomal miRNAs.[J] .Nature, 2017, 548(7665): 52-57.

    5.       Ying Wei,Riopel Matthew,Bandyopadhyay Gautam et al. Adipose Tissue Macrophage-Derived Exosomal miRNAs Can Modulate In Vivo and In Vitro Insulin Sensitivity.[J] .Cell, 2017, 171(2): 372-384.e12.

    6.       Zhang Lin,Zhang Siyuan,Yao Jun et al. Microenvironment-induced PTEN loss by exosomal microRNA primes brain metastasis outgrowth.[J] .Nature, 2015, 527: 100-104.